背景设定

       拳皇XI中，祸忌先是被草薙京、八神庵合力击败，又被紫苑投出的长枪所贯穿后失掉其生命，紫苑则消失于次元的裂缝。但是余下的一族们像嘲笑一般夺走了由哈迪伦所率领的调查部队的努力成果，现身于其面前。他们所说的遥远彼之地是什么？为何要执着的要寻求大蛇之力呢？
       另一方面，八神因为受活性的大蛇之血支配而暴走，将本来就精疲力尽的草薙京击倒在地，阿修·克里门森突然出现，偷袭并打败了暴走八神庵并夺其神器及苍炎，摆脱伊丽莎白的阻止。随着神乐千鹤之后，已得到八神的力量。 八咫之镜已破，八咫琼勾玉已碎，三神器之中只余下草薙之剑.......
       时期到来了。相继的遭遇事故，一直被担心能否举行的KOF大会。可是，被某人强行推动下，KOF大会竟相反的成为史上最大的形式来进行。以世界各地为擂台，在空前绝后的规模下举行的异种格斗大会在前所未有的华丽报道下升温。然后，第13届拳皇大会（拳皇XIII）的挑战书送往强者们……
       那寄信人正是...（R） 在大会进行到最后，时间突然静止，遥远彼之地的首领率众成员出现，而首领竟是阿修的祖先斋祀。
       斋祀企图用活祭的方式以达成自己的阴谋，不料紧要关头，阿修利用神器之力偷袭了斋祀，原来阿修在拳皇03、XI夺取2个神器一方面是为了迷惑祖先认为自己是听话的，一方面增强实力以打败斋祀。本以为事情就此了结，意外又发生了，阿修夺取了斋祀的冥炎力量后竟被斋祀反噬，变成了冥炎·血之螺旋疯狂阿修，成为了KOFXIII的最终Boss；最后阿修凭意念力控制主权，消灭了斋祀，悖于外祖母定律（时间悖论）的阿修在祖先死后亦消失于除伊丽莎白几人的所有人的记忆中。
一切迷雾最终得以揭开，遥远彼之地篇宣告结束……

特色系统

       CC、相杀等KOFXII的系统全部删除。44缩短距离的设定也删除了。投的方式回归以前的方向键+重攻击，拆投恢复。挥空取消复活。全角色追加远距离普通技。
       破招时会有蓝色光圈显示，但不会增加硬直，而是类似98这样可以追击1次。有部分破招动作类似KOFXII，但硬直时间不长。不能跑过去追加连招。另外，KOFXIII的连招系统有伤害递减，既连击数越大，伤害就会变低，可在打出华丽连击的同时，不至于伤害过大而导致秒人等不平衡现象出现。

       游戏破防
       体力槽下的就是防御值槽，该槽空了即破防。现状来说，因为防御槽恢复速度很快，还比较难打出破防，而且硬直并不长，所以即使破防能够追击大伤害的机会也不多。但是，发动HYPER DRIVE 后强制连续防御的话还是有机会破防的。

       CD反击
       废气CD反击回归。防御中消耗1格能量实现。有伤害，固定4点，对面血量过低时可击杀对面。

       游戏气绝
       气绝复活，但是没有明显的气绝槽，要凭感觉把握。跟98、02的方式完全相同，第1个人3格气，第2个4格，第3个5格。蓄气速度比98略快。
       EX必杀技、EX超必杀技
       消耗1格能量可以强化当前的必杀技or超必。EX必杀技会附加无敌、或者飞行道具复数化、或贯通对方的飞行道具等各种有趣的能力，EX超必杀的威力比普通超杀大很多。发动EX必杀技的时候角色身上有蓝色的影子，发动EX超必时会出现红光。
       DRIVE系统
       能量槽上的绿色HD槽。能量增加的条件是“攻击命中对手或让对手防御”。挥空，空招不能增加。没有发动“HYPER-DRIVE”系统时，利用DRIVE取消要消耗50%的基础槽，由此可以实现不能取消的特殊技代入必杀/超杀或必杀技代入超杀等等。也就是说，一个角色最多取消2次。
       在绿色槽满时按BC发动。可以在连续技中和空中发动。角色身上会发出火光。绿槽同02一样随着取消的增加自动缩短，取消一次大约消耗整条HD槽的10%，在HD模式下连击不会增加能量槽和HD槽。
       超必杀技
       发动条件1：绿色HD槽全满或已发动HD模式。发动条件2：至少有三格气（家用机在发动BC后只需2条气），发动条件可谓苛刻。HD模式发动后再发动NEO MAX可强制中断当前的必杀技、超必杀技、EX超必杀技（同时绿色HD槽也将耗空）。大约能消减对方480点体力（每个角色体力值为1000），威力相当强大，具有一击翻盘的效果。发动时屏幕会出现彩光，每个角色的NEO MAX超必杀都各不相同（比如阿修的为近身指令投，京的为快速的飞行道具等）。 个别人物在NEO MAX之后可以继续追击（如百合、镇等）。
       伤害修正系统
       拳皇13对伤害修正有特殊的设定。每增加1hit，会减少5%的伤害值。但不会无限减少下去。某些固定数值的伤害技能不会被修正系统所影响（例如爪八神八稚女最后一HIT等）
       具体限度：
       必杀和EX必杀：20%。
       超杀和EX超杀：街机1.1为50%，家用机为40%。
       NeoMax：50%。