背景设定
       《幽浮2》剧情衔接前作，自世界各大国向外星势力宣布无条件投降，已经过去了20年。XCOM，地球上最后的防线也早已支离破碎。外星人统治地球，建立起灯火闪耀的城市，表面上向那些无知的人们许诺一个美好的未来，背地里却图谋着外星人的“化身计划”，这是一个利用人类DNA作为粘合剂，组建成一个模板，然后加入外星人DNA来实现各种物种的创造，以及外星人自身的进化和生存的终极计划。外星人以雷霆手段清除所有反抗的人类。只有在世界边缘的幸存者还呼吸着自由的空气，在这里，一股新的力量正在悄然升起，为仅剩的XCOM力量奔波，寻找废墟中重生的机会，去将外星人的险恶阴谋公之于众，并将他们彻底赶出地球。

角色设定
       友方角色
       游戏中玩家扮演的主角是前作的指挥官，玩家作为指挥官下达命令。整个游戏真正的戏份还是全落在了指挥官的手下身上，指挥官无名无姓也全程没露脸。
       游戏拥有征兵系统，系统会提供一个完全随机的角色，玩家可以决定新兵的姓名、性别、国籍、昵称、种族，种族只是对角色的面部轮廓和肤色稍作变动，同时还有肤色选项进行进一步调整。
       征募新兵之后，玩家需要让手下的士兵进行升级，从而可以让他们获得特殊的职业以及自定义的道具，让他们变得各有所长。游戏总共有5个兵种可供玩家选择。每个新兵的属性在一定范围内随机生成。
       每名士兵在游戏中阵亡后不可复活，死亡的士兵可以在基地的纪念堂中查看，玩家在该士兵身上装备的装备如果在任务结束时不抬回尸体也会一并失去。

       《幽浮2》每名士兵都有军衔，军衔的种类有六种，军衔晋升之后，这个人的战斗能力数值并不会产生任何变化。军衔只会影响到“士气”（MORALE）。当一名士兵受伤时，他的士气就会下降。如果有同伴阵亡，那么全体参战士兵的士气都会严重下降，从而陷入“恐慌”或“狂暴”状态。避免这种情况的唯一办法就是在队伍中安排一名高级军官。
       队伍中的军官等级越高，小队中士兵在遭遇受伤或阵亡情况时的士气下降率就越低，同时在杀死一只异形后就能得到较高的士气回复率。然而，假如这名高级军官阵亡，那么全队都会遭受严重的士气打击。

       敌人
       敌人分为外星人的簇拥者和外星人战斗部队，外星人的簇拥者为拥护外星统治的人类或者机器人，外星人战斗部队由外星人士兵构成。
       人类
       拥护外星人的人类士兵都接受过外星人不同方面的改造，攻击力与防御力比普通士兵更强。

       机器人
       外星技术制造的机器士兵。毒素心灵攻击对机器人无效，但是专家可以通过黑客技术控制他。

特色系统
       战斗系统
       只要不是主线，玩家可以根据扫描任务报告考虑战斗难度、奖励和时间因素安排战术小队前往。战斗是回合制。角色头上箭头代表行动点，一个行动点可以进行一次移动或者攻击。移动后可以选择监视。这时队员待机，会攻击第一个进入攻击范围的敌人。如果还有行动点，可以选择继续移动或者蹲伏，蹲伏必须在掩体旁提升防御和闪避。掩体位置会有盾牌图标指示。
       玩家可以选择潜行状态，这样敌人不会发现，地面上红色眼睛标示区域为暴露区域。潜行状态不能进入红色标示区域。潜行状态的攻击会有伏击效果。命中伤害都有加成。伏击后暴露目标，进行遭遇战。接着是攻击，攻击也会消耗一个行动点。点击攻击，选择目标，可以看到命中、伤害和暴击预估。
       任务系统
       游戏任务分为主线任务与支线任务，主线任务是剧情发展必须做的任务。支线任务是游戏进程中可选择任务，完成后给予玩家物资奖励。利用复仇者号进行移动和扫描，点击战略地图中的目标，雷达扫描地图，发现任务图标上会在地图上显示。可能是战斗事件也可能是非战斗事件。例如找到工程师帮助玩家或者收到反抗军的信息。信息一般会触发新的地图区图标或任务。或者扫描到潜在的威胁，通常是战斗任务。完成任务依据难易区分给予不同奖励。
       物理破坏系统
       虚幻4引擎具有强大的物理碰撞和模拟演算功能，Firaxis工作室把这套机制用在了《幽浮2》之游戏的物理破坏系统中，从而使《幽浮2》成为了战略自由度比较高的回合制游戏。游戏场景中的所有物体和建筑，都是可以通过武力或行动来破坏的。当敌人躲在墙后，我方一次命中率并不高的射击虽然没打中敌人，但把墙打穿了，于是掩体的防护效果就失去了，接下来其他队员的攻击命中率就能大大上升。当完成任务准备撤离时被包围，我们可以炸出一条路，直径返回逃脱位置；如果敌人躲在层层掩体之后，正面射击只有不到4成几率时，我们可以用手雷把掩体全清了，让其完全暴露。
       难度系统
       游戏共有简单、普通、困难三个难度。游戏开始时可以选择难度。
       随着游戏难度的提升，怪物的抗性和能力也会得到提升。难度越高玩家被恐慌几率越高，同时战斗时怪物更多。随着剧情的发展怪物的数量和质量更加快速的提高。困难难度最关键的取消了隐藏的10%命中奖励，攻击时未命中几率大大提升。士兵军衔升级所需的经验值要求更高，普通难度升级到顶的经验要求是85而困难的经验要求是177。与之相对的，难度越高，完成后奖励也更高。
       研发系统
       游戏中研发系统的功能由实验室和工程部来完成，通过实验选解锁不同的武器装备，再由工程部制作，研发制作的成果可以提高玩家的作战能力。实验和研发需要占用工程师和时间、消耗资源。