奥里（Ori）得到了灵魂树的至宝Sein，他和Sein踏上冒险旅程，为了拯救森林和Naru，恢复三个生命元素，复活灵魂树。

       森林生物Gumo出于某种目的偷走了水元素，Ori开始追他。Gumo作死把自己砸半死，Ori救了Gumo一命，Gumo将水元素还给Ori，与Ori成为朋友。

       Ori相继恢复了水元素、风元素、火元素，在荒芜废墟复活风元素的同时，发现Gumo族差不多已经因为寒冷而灭族了，活着的就剩Gumo了。与此同时Gumo回到自己族人的神殿，取回了某个魔法物品，复活了Naru。Naru一心想要再见到Ori，在Gumo的带领下外出寻找Ori。由于Ori激活了掘之山，森林开始着火。Ori准备把Sein交还给灵魂树。这时候他被Kuro抓住了。Naru恰好在最终一刻赶到，她抱起Ori，但却无法阻止Kuro，也无法阻止这场大火。她的行为毫无理由，不计后果。Kuro被这一幕感动了，让她想起自己失去的孩子，她从复仇的狂热中惊醒，发现自己最后的孩子将被烈火包围。为了阻止大火，为了给她最后的孩子生存的机会，Kuro选择亲自将Sein交还给灵魂树。自己被灵魂树的光烧死了。灵魂树复活了，Nibel森林也复活了。Naru、Ori、Gumo成为了一个家庭。Ori和Naru将Kuro最后一个孩子（还是一个蛋）带回家中，游戏的最后画面是鸟蛋破壳。