《轩辕剑伍》、《轩辕剑外传汉之云》、《轩辕剑外传云之遥》连结紧密，分别讲述轩辕剑转世双生子朝云、暮云，昊天塔转世陆承轩三位主角的精彩故事。此三条故事线相互交织、相互呼应，共同谱写出一曲史实般的三国时代乱世悲歌，讲述了上古神器轩辕剑的前世今生。

《轩辕剑伍》游戏发生在《轩辕剑外传汉之云》及《轩辕剑外传云之遥》之后，在故事时间轴上是【轩辕剑伍三部曲】的最后一部。本作以古籍《山海经》为主轴，展示了十多个风格各异的山海界国家，置身游戏世界中仿若进入一副上古神话长卷。